| MirGeneDB ID | Dma-Mir-12606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12606 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dpu-Mir-12606 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046174.1: 2509231-2509290 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12606) |
Mir-12607-v1
NC_046174.1: 2509081-2509143 [+]
Ensembl
Mir-12607-v2 NC_046174.1: 2509081-2509143 [+] Ensembl Mir-12606 NC_046174.1: 2509231-2509290 [+] Ensembl Mir-3 NC_046174.1: 2509456-2509516 [+] Ensembl Mir-12604 NC_046174.1: 2509619-2509677 [+] Ensembl |
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| Seed | CUUGGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UACAUAAUUUGUUUCAUGCGUAAUUGGUGCUCUUGGUUGCUCGGUCUUUAGGAUUUUUAUCAUCAUUCCUAAAGCUCGGCUAGCAGGAUCCACCAUUUUCGCUAUGUCUACCGUAACAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UACAUAAUUUGUUUCAU- U U C-| GUU U GU AUUUUUA GCG AA UGGUG UCUUG GC CG CUUUAGG \ CGC UU ACCAC AGGAC CG GC GAAAUCC U AAACAAUGCCAUCUGUAU U U CU^ GAU - UC UUACUAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | There is a second Dicer cut +1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dma-Mir-12606_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUGGUUGCUCGGUCUUUAGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Dma-Mir-12606_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAAGCUCGGCUAGCAGGAUC -60
Get sequence
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