| MirGeneDB ID | Dma-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Large common water flea (Daphnia magna) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dma-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P1 Aga-Mir-216-P1 Agr-Mir-216-P1 Asu-Mir-216-P1 Bge-Mir-216-P1 Cte-Mir-216-P1 Dan-Mir-216-P1 Dgr-Mir-216-P1 Dlo-Mir-216-P1 Dme-Mir-216-P1 Dmo-Mir-216-P1 Dpu-Mir-216-P1 Dsi-Mir-216-P1 Dya-Mir-216-P1 Eba-Mir-216-P1 Efe-Mir-216-P1a Efe-Mir-216-P1b Esc-Mir-216-P1 Gpa-Mir-216-P1 Hme-Mir-216-P1 Hru-Mir-216-P1 Lan-Mir-216-P1e Lan-Mir-216-P1f Lgi-Mir-216-P1 Lhy-Mir-216-P1 Mgi-Mir-216-P1 Mom-Mir-216-P1 Ofu-Mir-216-P1 Pau-Mir-216-P1 Pca-Mir-216-P1 Pcr-Mir-216-P1 Pdu-Mir-216-P1 Pve-Mir-216-P1 Rph-Mir-216-P1 Sma-Mir-216-P1 Snu-Mir-216-P1 Tca-Mir-216-P1 War-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DMA_ASM399081) |
NC_046176.1: 6125840-6125925 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P1) |
Mir-216-P1
NC_046176.1: 6125840-6125925 [+]
Ensembl
Mir-216-P2 NC_046176.1: 6126328-6126441 [+] Ensembl Mir-12 NC_046176.1: 6126792-6126852 [+] Ensembl Mir-87-o5b NC_046176.1: 6157168-6157231 [-] Ensembl Mir-87-o5a NC_046176.1: 6157349-6157434 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUAUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAACACUGCUGAUGGCUUCUGAUACGACCAAAUAUCAGCAGGUAAUUCUGGGCAAUAUUAUCCUUGAACUUGUUUCAAAUACAAGGAAGAACCCAGACUGCCGACUGGUAUCAGGCCGUGAGAAUGCCCACAUCCCCACACAUAUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GAAACACUGCUGAUGGC----| GA A AA CA AU CAAUAUUAUCCUUGAACUU UUCU UACG CC AUAUCAG GGUA UCUGGG \ AAGA GUGC GG UAUGGUC CCGU AGACCC G UAUACACACCCCUACACCCGU^ -- C AC AG C- AAGAAGGAACAUAAACUUU 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dma-Mir-216-P1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAUAUCAGCAGGUAAUUCUGGG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dma-Mir-216-P1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
64- CAGACUGCCGACUGGUAUCAGG -86
Get sequence
|
