| MirGeneDB ID | Dme-Mir-956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-956 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dme-mir-956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dan-Mir-956-v1 Dmo-Mir-956-v1 Dsi-Mir-956-v1 Dya-Mir-956-v1 Gpa-Mir-956-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Glossinidae + Drosophilidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
3L: 11773740-11773868 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-956-v1) |
Mir-314
3L: 11773014-11773101 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-956-v1 3L: 11773740-11773868 [-] UCSC Ensembl Mir-956-v2 3L: 11773740-11773868 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dme-Mir-956-v1 |
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| Seed | UUCGAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUAUGAGCACUUUUCCUGAUCGUUAUCGUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCAGUUUGCCCGGAGACGCCGGUUAACCCAGCACUGAAAUGUGUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCAGCAUUUUCAACAAUAUGCAAAUUCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 UUGAUAUGAGCACUUUUCCUGAUC- AUC U-| A UU AACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCA GUU GUG UUGGA UGGUCUCG AGCU G CGA UAC AAUCU ACCAGAGC UUGA U CUACUUAAACGUAUAACAACUUUUA CGU CU^ C U- UGUGUAAAGUCACGACCCAAUUGGCCGCAGAGGCCCGUU 180 170 160 150 140 130 120 110 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-956-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-956-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
106- UUUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -129
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005469 TargetScanFly: dme-miR-956 |
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| Variant | Dme-Mir-956-v2 |
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| Seed | UCGAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAUAUGAGCACUUUUCCUGAUCGUUAUCGUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGCUAACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCAGUUUGCCCGGAGACGCCGGUUAACCCAGCACUGAAAUGUGUAGUUUCGAGACCACUCUAAUCCAUUGCAGCAUUUUCAACAAUAUGCAAAUUCAUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 80 90 UUGAUAUGAGCACUUUUCCUGAUC- AUC U-| A UU UAACGGAUGAGCAAGUGCUCGGCUCACUGGCCCAAAUGCA GUU GUG UUGGA UGGUCUCG AGC G CGA UAC AAUCU ACCAGAGC UUG U CUACUUAAACGUAUAACAACUUUUA CGU CU^ C U- AUGUGUAAAGUCACGACCCAAUUGGCCGCAGAGGCCCGUU 180 170 160 150 140 130 120 110 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dme-Mir-956-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020850 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGUUUGGAAUGGUCUCGUUAGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dme-Mir-956-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0005469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
107- UUCGAGACCACUCUAAUCCAUU -129
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0005469 TargetScanFly: dme-miR-956 |
