| MirGeneDB ID | Dno-Mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-361 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-361-v1 Cfa-Mir-361-v1 Cja-Mir-361-v1 Cpo-Mir-361-v1 Eca-Mir-361-v1 Ete-Mir-361-v1 Hsa-Mir-361-v1 Laf-Mir-361 Mml-Mir-361-v1 Mmr-Mir-361-v1 Mmu-Mir-361-v1 Ocu-Mir-361-v1 Pab-Mir-361-v1 Rno-Mir-361-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH574981: 206921-206984 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-361-v1) |
Mir-361-v1
JH574981: 206921-206984 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-361-v2 JH574981: 206922-206983 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-361-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UAUCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCAGUGAUUGUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAAUAUGUGAAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCCCCUCCUCCUUUGAGAAUCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGCAGUGAUUGUUUCCU-- UUU UU U--| A U UUAAUAU GGGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG AC G CCCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UG U ACUAAGAGUUUCCUCCUCC CUU UU UGU^ A C AAAAAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-361-v1_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAUCAGAAUCUCCAGGGGUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-361-v1_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGC -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-361-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGUGAUUGUUUCCUGGGAUUUGGGAGCUUAUCAGAAUCUCCAGGGGUACUUAAUAUGUGAAAAAAGUCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUGCUUCCUUCUCCCCCUCCUCCUUUGAGAAUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGUGAUUGUUUCCUG-- UUU UU U--| A U UAAUAU GGA GGGAGC AUCAGAAUC CC GGGG ACU G CCU CCUUCG UAGUCUUAG GG CCCC UGA U CUAAGAGUUUCCUCCUCCC CUU UU UGU^ A C AAAAAG 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | The mature form of this variant is most highly expressed as a 2 nt shorter form but is rarely accompanied by a 19 nt corresponding 5p star read. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-361-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUCAGAAUCUCCAGGGGUACU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-361-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UCCCCCAGGUGUGAUUCUGAUUUG -62
Get sequence
|
