| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-87-o5a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dpu-Mir-87-o5b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dma-Mir-87-o5a Gsp-Mir-87 Sne-Mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Daphnia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_1: 2190896-2190980 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-o5a) |
Mir-87-o5a
DAPPUscaffold_1: 2190896-2190980 [+]
Ensembl
Mir-87-o5b DAPPUscaffold_1: 2191079-2191142 [+] Ensembl |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGUGCCUCGACGUUUCACGUCCGCCUGCCGGGCCUGAUCCUUUGCUCAACCUGUGAUCGUAAACCUUGUAUUACCCUCCUUUGCGGGAGGAGGUGAGCAAAGUUUCAGGUGCGUCAGUCGGAUCGUCUUUCUCACCGCACAAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GUGUGCCUCGACGUUUC- -| C C G UC A GUGAUCGUAAACCUUGUA ACG UCCG CUG CG GCCUGA CUUUGCUCA CCU U UGC AGGC GAC GC UGGACU GAAACGAGU GGA U UUAACACGCCACUCUUUC U^ U U G UU - GGAGGGCGUUUCCUCCCA 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Dpu-Mir-87-o5a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGCCUGAUCCUUUGCUCAACCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Dpu-Mir-87-o5a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
63- GUGAGCAAAGUUUCAGGUGCGU -85
Get sequence
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