| MirGeneDB ID | Dre-Mir-724-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-724-P1-v1 Dre-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-724-P1-v1 Mal-Mir-724-P1-v1 Tni-Mir-724-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr8: 24064224-24064283 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-P1-v2) |
Mir-724-P1-v1
chr8: 24064223-24064284 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-724-P1-v2 chr8: 24064224-24064283 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-724-P1-v2 |
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| Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCUGAUACUGUUACCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUUAGUCACAUUAUUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUGUCUCUUCUGCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCUGAUACUGUUACCC-- ACU -| UU CGA AGUCAC AGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUUU \ UCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAAG A CGACGUCUUCUCUGUCUCG CGU A^ CC ACC AUUAUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-724-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-724-P1-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -60
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-724-P1-v1 |
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| Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCGCUGAUACUGUUACCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUUAGUCACAUUAUUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUGUCUCUUCUGCAGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCUGAUACUGUUACC-- ACU -| UU CGA UAGUCAC CAGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU \ GUCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA A CCGACGUCUUCUCUGUCUC CGU A^ CC ACC GAUUAUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-724-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Dre-Mir-724-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -62
Get sequence
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