| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-19-P1f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-19-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010282.1: 2022285-2022345 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1f) |
Mir-17-P3f-v1
FYBX02010282.1: 2016432-2016490 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P3f-v2 FYBX02010282.1: 2016433-2016489 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1f FYBX02010282.1: 2022285-2022345 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCACUUUCCUCUGACGGCUCAUUUCCCUCAGCUUUGCUGGUAGGCACAGCCGUUGCUCUGGUUGAGCUGUGCAAACCUAUGCAAAGCUGAGGGUGGUGAGGCACUGUGCCGUGAGAGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCACUUUCCUCUGACGG-- UU U--| AG CGUUGCU CUCAU CCCUCAGCUUUGC GGU GCACAGC \ GAGUG GGGAGUCGAAACG CCA CGUGUCG C ACCGAGAGUGCCGUGUCACG GU UAU^ AA AGUUGGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-19-P1f_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUUUGCUGGUAGGCACAGC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-19-P1f_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGUGCAAACCUAUGCAAAGCUGA -61
Get sequence
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