| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-23-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-23 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-23-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009499.1: 1849196-1849255 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-23-P5) |
Mir-24-P5
FYBX02009499.1: 1845596-1845653 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-27-P5 FYBX02009499.1: 1849044-1849106 [-] UCSC Ensembl Mir-23-P5 FYBX02009499.1: 1849196-1849255 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCACAUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCGUGACGUAAAACGUCUGGUUCUGAGGGGGGUUCCUGGCAUCGUGAUUUGUGCUGCGAAGGAAAAUCACAUUGCCAGGGAUUACCACCCAGUCCCAGCACACGUCAGCACUGCACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCGUGACGUAAAACGU-- UU A - -| UC GUGCUG CUGG CUG GG GG GGUUCCUGGCA GUGAUUU \ GACC GAC CC CC UUAGGGACCGU CACUAAA C GUCACGUCACGACUGCACAC CU - A A^ UA AGGAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-23-P5_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGUUCCUGGCAUCGUGAUUU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-23-P5_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUCACAUUGCCAGGGAUUACCAC -60
Get sequence
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