| MirGeneDB ID | Efe-Mir-1998-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1998 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Efe-Mir-1998-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dgr-Mir-1998 Pdu-Mir-1998 Snu-Mir-1998 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.58205: 4197-4257 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1998-P1) |
Mir-2000-P1
Efet.01.58205: 3094-3153 [-]
Mir-1998-P1 Efet.01.58205: 4197-4257 [-] |
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| Seed | UGAACGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGGGUCUGGAAUUCAAUGUCUGUCGCUGACGUUCAUGUCUGUUUUCAGACUGUUCAGUUCAAACUAGUUGAACGCAGAGAUGUACGUCAUUGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGAGGGUCUGGAAUUCAAUGUCUGU--| C U G U A GUUCAG CG UGACGU CAU UCUGU UUCAG CU U GU ACUGCA GUA AGACG AAGUU GA U NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG^ U U G C - UCAAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Efe-Mir-1998-P1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGUUCAUGUCUGUUUUCAGACU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Efe-Mir-1998-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUGAACGCAGAGAUGUACGUCA -61
Get sequence
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