| MirGeneDB ID | Gja-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-146 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-146-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-146-P2 Ami-Mir-146-P2 Cli-Mir-146-P2 Cmi-Mir-146-P2 Cpi-Mir-146-P2 Ebu-Mir-146 Gga-Mir-146-P2 Lch-Mir-146-P2 Mun-Mir-146-P2-v1 Pbv-Mir-146-P2 Pma-Mir-146 Spt-Mir-146-P2 Sto-Mir-146-P2 Tgu-Mir-146-P2 Xla-Mir-146-P2a Xla-Mir-146-P2b Xtr-Mir-146-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015169717.1: 680-745 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGAACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GACGUGCAGAACGCUGGCAGUUCCAAGCUCUGAGAACUGGUUUUCAUAGACUGGUUCCAGUUCUGUAAGCUCAGUCCGUGAUACUCAGUUCUCUAGCUUGACUGUAUCUGACUUCAUAACUUAGGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GACGUGCAGAACGCUGG-----| UC CU - UU UA GUUCCAGU CAGU CAAGCU GAGAACUG GU UCA GACUG U GUCA GUUCGA CUCUUGAC CA AGU CUGAC C AGGAUUCAAUACUUCAGUCUAU^ -- U- U U- GC UCGAAUGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-146-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGAGAACUGGUUUUCAUAGACUG -23
Get sequence
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| Star sequence | Gja-Mir-146-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- GUCCGUGAUACUCAGUUCUCUAG -66
Get sequence
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