| MirGeneDB ID | Gja-Mir-430-o40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gja-Mir-430-o41 Gja-Mir-430-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-430-P40a Hsa-Mir-430-P40b Pab-Mir-430-P40a Pab-Mir-430-P40b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | G. japonicus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015175473.1: 127897-127959 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o40) |
Mir-430-o40
NW_015175473.1: 127897-127959 [+]
Mir-430-o41 NW_015175473.1: 128972-129034 [+] |
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| Seed | CCAAUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAAGGCUUUCCUACCUCUGCCUGGACGCCACCAAUACGAUGGCACUGUCUUGUGUAUUAUGACCCUGAGAAAGUGCUUUCUUGUAUUGGCGUCGUCUUGGCCAGGUUUGUCUUCUGAGGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAAGGCUUUCCUACCU- - U CCA U--| G UGUGUAUU CU GCC GGACG CCAAUACGA GGCACU UCU \ GA CGG UCUGC GGUUAUGUU UCGUGA AGA A GGGGGAGUCUUCUGUUUG C U UGC CUU^ A GUCCCAGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gja-Mir-430-o40_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACCAAUACGAUGGCACUGUCU -21
Get sequence
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| Co-mature sequence | Gja-Mir-430-o40_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AAAGUGCUUUCUUGUAUUGGCGU -63
Get sequence
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