Mir-101-P1-v1

MirGeneDB ID

Gmo-Mir-101-P1

Family name

MIR-101 (all species)

Species

Cod (Gadus morhua)

MiRBase ID

gmo-mir-101a

Paralogues

Gmo-Mir-101-P2-v1

Orthologues

Aca-Mir-101-P1-v1 Ami-Mir-101-P1-v1 Bta-Mir-101-P1-v1 Cfa-Mir-101-P1-v1 Cja-Mir-101-P1-v1 Cli-Mir-101-P1-v1 Cmi-Mir-101-P1-v1 Cpi-Mir-101-P1-v1 Cpo-Mir-101-P1-v1 Dno-Mir-101-P1-v1 Dre-Mir-101-P1-v1 Eca-Mir-101-P1-v1 Ete-Mir-101-P1-v1 Gga-Mir-101-P1-v1 Gja-Mir-101-P1-v1 Hsa-Mir-101-P1-v1 Laf-Mir-101-P1-v1 Lch-Mir-101-P1 Loc-Mir-101-P1-v1 Mal-Mir-101-P1-v1 Mdo-Mir-101-P1-v1 Mml-Mir-101-P1-v1 Mmr-Mir-101-P1-v1 Mmu-Mir-101-P1-v1 Mun-Mir-101-P1-v1 Oan-Mir-101-P1-v1 Ocu-Mir-101-P1-v1 Pab-Mir-101-P1-v1 Pbv-Mir-101-P1-v1 Rno-Mir-101-P1-v1 Sha-Mir-101-P1-v1 Spt-Mir-101-P1c Spt-Mir-101-P1d Sto-Mir-101-P1-v1 Tgu-Mir-101-P1-v1 Tni-Mir-101-P1-v1 Xla-Mir-101-P1a-v1 Xla-Mir-101-P1b-v1 Xtr-Mir-101-P1-v1

Node of Origin (locus)

Vertebrata

Node of Origin (family)

Vertebrata

Genome context
(Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel)

GeneScaffold_1472: 99849-99907 [-] UCSC Ensembl

Clustered miRNAs
(< 50kb from Mir-101-P1-v1)

Mir-101-P1-v1 GeneScaffold_1472: 99849-99907 [-] UCSC Ensembl
Mir-101-P1-v2 GeneScaffold_1472: 99850-99906 [-] UCSC Ensembl

Variant

Gmo-Mir-101-P1-v1

Seed

ACAGUAC

Precursor
(pre-Mir +30nt flank)

GGAAGGCCAGAUUUGCCAGGCUGCCCUGGUUCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCUGUGCCCAUGGAAGGUACAGUACUGUGAUAACUGAAUGAUGGUGGCCACCUUGACACUGGAUCAUUG

Get precursor sequence

Structure

        10          20        30        40        50         
GGAAGGCCAGAUUUGCCA--|  UG  CUG                    A    GUGCC 
                    GGC  CC   GUUCAGUUAUCACAGUGCUG UGCU     C
                    CCG  GG   UAAGUCAAUAGUGUCAUGAC AUGG     A
GUUACUAGGUCACAGUUCCA^  GU  UAG                    -    AAGGU 
       110       100        90        80        70         60

Deep sequencing

Go to detailed chart

3' NTU

Motifs

UGUG in loop

Tissue expression

Br	Gi	He	In	Li	Sk	Sp	Wh

Star sequence

Gmo-Mir-101-P1-v1_5p*

mirBase accession

MIMAT0044119

Sequence

0- UCAGUUAUCACAGUGCUGAUGCU -23

Get sequence

Mature sequence

Gmo-Mir-101-P1-v1_3p