| MirGeneDB ID | Hme-Mir-3-P22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Mir-3-P14 Hme-Mir-3-P15 Hme-Mir-3-P16 Hme-Mir-3-P17 Hme-Mir-3-P18 Hme-Mir-3-P19 Hme-Mir-3-P20 Hme-Mir-3-P21 Hme-Mir-3-P23 Hme-Mir-3-P24 Hme-Mir-3-P25 Hme-Mir-3-P26 Hme-Mir-3-P27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dlo-Mir-3 Dma-Mir-3 Dpu-Mir-3 Gpa-Mir-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Pancrustacea | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671859: 111736-111797 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3-P22) |
Mir-3-P27
HE671859: 110477-110535 [-]
Ensembl
Mir-3-P26 HE671859: 110635-110693 [-] Ensembl Mir-3-P25 HE671859: 110796-110850 [-] Ensembl Mir-3-P24 HE671859: 110937-110990 [-] Ensembl Mir-3-P23 HE671859: 111487-111543 [-] Ensembl Mir-3-P22 HE671859: 111736-111797 [-] Ensembl Mir-3-P21 HE671859: 112176-112234 [-] Ensembl Mir-3-P20 HE671859: 112283-112342 [-] Ensembl Mir-3-P19 HE671859: 112455-112513 [-] Ensembl Mir-3-P18 HE671859: 112729-112787 [-] Ensembl Mir-3-P17 HE671859: 113173-113233 [-] Ensembl Mir-3-P16 HE671859: 113306-113364 [-] Ensembl Mir-3-P15 HE671859: 113451-113508 [-] Ensembl Mir-3-P14 HE671859: 113699-113757 [-] Ensembl Mir-9-P9 HE671859: 114241-114299 [-] Ensembl |
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| Seed | CACUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUCAGGAGAAAAAAUAUCUGUUAAAAUUAGUACUCAUUGACUCAGUCGAUAUGUUUUAUUUAUCUAUCACUGGUUUUGUGAUUACUAAUUCUGUGGGUACUACGAUAUGAAGUACUGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUUUUCAGGAGAAAAAA---| UG UAA C U- U C UGUUUU UAUC U AAUUAGUA UCAU GAC CAGU GAUA \ AUGG G UUAAUCAU AGUG UUG GUCA CUAU A UAGUCAUGAAGUAUAGCAUC^ GU UC- U UU - - CUAUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-3-P22_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGUACUCAUUGACUCAGUCGAUA -24
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-3-P22_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCACUGGUUUUGUGAUUACUAAU -62
Get sequence
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