| MirGeneDB ID | Hme-Mir-3338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hme-mir-3338 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671311: 86526-86586 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3338) |
Mir-3327
HE671311: 86391-86452 [-]
Ensembl
Mir-3338 HE671311: 86526-86586 [-] Ensembl |
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| Seed | UGUACUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAUUGGACAAAAUUAUAAGAAUGUUUCAUAGCAAACACAGUAGUGUACAAUGCUAAGUUGACAUACGCAUGUACUUACUUUGUUUGUUCUGGAAUCUUCUUUAAGCUACAACUUGGAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUUGGACAAAAUUAU--| U U C U A UAAGUU AAGAA GUUUCA AGCAAACA AGUAG GUACA UGC \ UUCUU UAAGGU UUGUUUGU UCAUU CAUGU ACG G AAGAGGUUCAACAUCGAAU^ C C U - - CAUACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Mir-3338_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCAAACACAGUAGUGUACAAUGC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Mir-3338_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0024982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUGUACUUACUUUGUUUGUUCU -61
Get sequence
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