| MirGeneDB ID | Hme-Novel-5-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | HME-NOVEL-5 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hme-Novel-5-P1 Hme-Novel-5-P2 Hme-Novel-5-P3a Hme-Novel-5-P3b Hme-Novel-5-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hmel_1) |
HE671980: 160228-160283 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-5-P4) |
Novel-5-P5
HE671980: 159936-159991 [-]
Ensembl
Novel-5-P4 HE671980: 160228-160283 [-] Ensembl Novel-5-P3b HE671980: 160418-160473 [-] Ensembl Novel-5-P3a HE671980: 160606-160661 [-] Ensembl Novel-5-P2 HE671980: 160796-160851 [-] Ensembl Novel-5-P1 HE671980: 160985-161040 [-] Ensembl |
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| Seed | UUGCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGUGAAAUAUUUGAUGUGAUGGCGGAUGGGGGACUACCUAAUUGCAAGGUGUAUCUAUCGACUUUGCCUUUAGUUACUUUCCGAUCUGUUGGUGCACAUGACUACAAAUGAAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAAGUGAAAUAUUUGAU--| AU G GG C C UU GUAU GUG GGCGGAU GG A UA CUAA GCAAGGU C CGU UUGUCUA CC U AU GAUU CGUUUCA U AGAAGUAAACAUCAGUACA^ GG G UU C U UC GCUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hme-Novel-5-P4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGGACUACCUAAUUGCAAGGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hme-Novel-5-P4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UUUGCCUUUAGUUACUUUCCGA -56
Get sequence
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