| MirGeneDB ID | Hvu-Mir-3007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3007 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Freshwater-polyp (Hydra vulgaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. vulgaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | H. vulgaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Hm105_1.0) |
Sc4wPfr_3789: 111110-111160 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3007-v1) |
Mir-3007-v2
Sc4wPfr_3789: 111109-111161 [+]
Mir-3007-v1 Sc4wPfr_3789: 111110-111160 [+] |
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| Variant | Hvu-Mir-3007-v1 |
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| Seed | GUUCGGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGUGACUUACUUAUUAACUUUGUGUCAACAUGUUCGGCGUUUUUACCUGCAGUGUAACUGUGGGUAAAAACGCCAAACAUGUUGACAAAAGCUGUUAUUUGUACGGAUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGUGACUUACUUAUUAA---| G C UG GUG CUUU UGUCAACAUGUU GGCGUUUUUACC CA \ GAAA ACAGUUGUACAA CCGCAAAAAUGG GU U UUUUAGGCAUGUUUAUUGUC^ - A GU CAA . 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hvu-Mir-3007-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUUCGGCGUUUUUACCUGCA -21
Get sequence
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| Star sequence | Hvu-Mir-3007-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
30- UGGGUAAAAACGCCAAACAUG -51
Get sequence
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| Variant | Hvu-Mir-3007-v2 |
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| Seed | UGUUCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUGACUUACUUAUUAACUUUGUGUCAACAUGUUCGGCGUUUUUACCUGCAGUGUAACUGUGGGUAAAAACGCCAAACAUGUUGACAAAAGCUGUUAUUUGUACGGAUUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAGUGACUUACUUAUUAA---| G C UG GUG CUUU UGUCAACAUGUU GGCGUUUUUACC CA \ GAAA ACAGUUGUACAA CCGCAAAAAUGG GU U AUUUUAGGCAUGUUUAUUGUC^ - A GU CAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hvu-Mir-3007-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGUUCGGCGUUUUUACCUGCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Hvu-Mir-3007-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
31- UGGGUAAAAACGCCAAACAUGU -53
Get sequence
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