| MirGeneDB ID | Laf-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-129-P2 Ami-Mir-129-P2 Bta-Mir-129-P2 Cfa-Mir-129-P2 Cja-Mir-129-P2 Cli-Mir-129-P2 Cmi-Mir-129-P2 Cpi-Mir-129-P2 Cpo-Mir-129-P2 Dno-Mir-129-P2 Dre-Mir-129-P2a Dre-Mir-129-P2b Eca-Mir-129-P2 Ete-Mir-129-P2 Gja-Mir-129-P2 Gmo-Mir-129-P2a Gmo-Mir-129-P2b Hsa-Mir-129-P2 Lch-Mir-129-P2 Loc-Mir-129-P2 Mal-Mir-129-P2a Mal-Mir-129-P2b Mdo-Mir-129-P2 Mml-Mir-129-P2 Mmr-Mir-129-P2 Mmu-Mir-129-P2 Mun-Mir-129-P2 Neu-Mir-129-P2 Oan-Mir-129-P2 Ocu-Mir-129-P2 Pab-Mir-129-P2 Pbv-Mir-129-P2 Pma-Mir-129-o2 Rno-Mir-129-P2 Sha-Mir-129-P2 Spt-Mir-129-P2 Sto-Mir-129-P2 Tgu-Mir-129-P2 Tni-Mir-129-P2a Tni-Mir-129-P2b Xla-Mir-129-P2c Xla-Mir-129-P2d Xtr-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010032.1: 97958451-97958516 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUGAGCAGGGCAGCUGUCUCCUUUGGGUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUUCCUCUCAACAGUAGUCAGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGUAUCCGCGGGAGGCCUUGUCCACGGGGAGACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUGAGCAGGGCAGCU-- U -| C CU G UGUUCCUCUC GUCUCCU UGGGU CUUUUUG GGU GGGCUU C \ CGGAGGG GCCUA GAAAAAC CCA CCCGAA G A ACCAGAGGGGCACCUGUUC C U^ C UU G ACUGAUGACA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-129-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-129-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- AAGCCCUUACCCCAAAAAGUAU -66
Get sequence
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