| MirGeneDB ID | Laf-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-129-P1 Bta-Mir-129-P1 Cfa-Mir-129-P1 Cja-Mir-129-P1 Cpi-Mir-129-P1 Cpo-Mir-129-P1 Dno-Mir-129-P1 Dre-Mir-129-P1a Dre-Mir-129-P1b Eca-Mir-129-P1 Ete-Mir-129-P1 Gga-Mir-129-P1 Gja-Mir-129-P1 Gmo-Mir-129-P1a Gmo-Mir-129-P1b Hsa-Mir-129-P1 Lch-Mir-129-P1 Loc-Mir-129-P1 Mal-Mir-129-P1a Mal-Mir-129-P1b Mml-Mir-129-P1 Mmr-Mir-129-P1 Mmu-Mir-129-P1 Mun-Mir-129-P1 Neu-Mir-129-P1 Oan-Mir-129-P1 Ocu-Mir-129-P1 Pab-Mir-129-P1 Pbv-Mir-129-P1 Pma-Mir-129-o1 Rno-Mir-129-P1 Sha-Mir-129-P1 Spt-Mir-129-P1 Tgu-Mir-129-P1 Tni-Mir-129-P1a Tni-Mir-129-P1b Xla-Mir-129-P1c Xla-Mir-129-P1d Xtr-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010048.1: 6057388-6057451 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-129-P1) |
Mir-129-P1
GL010048.1: 6057388-6057451 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-670 GL010048.1: 6092027-6092090 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUUUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGAGCCGGGGACUCUGCCCUUCGCGAAUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUACAUAACUCAAUAGCCGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGCAUUCGCGGAGGGCGCACUCGUCGAGAAGACCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGGAGCCGGGGACUCU-- -| C CU GCUGUACAUAA GCCCUUCGCGAAU CUUUUUG GGU GGGCUU \ CGGGAGGCGCUUA GAAAAAC CCA CCCGAA C GCCAGAAGAGCUGCUCACG C^ C UU GGCCGAUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-129-P1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
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| Star sequence | Laf-Mir-129-P1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AAGCCCUUACCCCAAAAAGCAU -64
Get sequence
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