| MirGeneDB ID | Pab-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-129 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-129-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-129-P1 Bta-Mir-129-P1 Cfa-Mir-129-P1 Cja-Mir-129-P1 Cpi-Mir-129-P1 Cpo-Mir-129-P1 Dno-Mir-129-P1 Dre-Mir-129-P1a Dre-Mir-129-P1b Eca-Mir-129-P1 Ete-Mir-129-P1 Gga-Mir-129-P1 Gja-Mir-129-P1 Gmo-Mir-129-P1a Gmo-Mir-129-P1b Hsa-Mir-129-P1 Laf-Mir-129-P1 Lch-Mir-129-P1 Loc-Mir-129-P1 Mal-Mir-129-P1a Mal-Mir-129-P1b Mml-Mir-129-P1 Mmr-Mir-129-P1 Mmu-Mir-129-P1 Mun-Mir-129-P1 Neu-Mir-129-P1 Oan-Mir-129-P1 Ocu-Mir-129-P1 Pbv-Mir-129-P1 Pma-Mir-129-o1 Rno-Mir-129-P1 Sha-Mir-129-P1 Spt-Mir-129-P1 Tgu-Mir-129-P1 Tni-Mir-129-P1a Tni-Mir-129-P1b Xla-Mir-129-P1c Xla-Mir-129-P1d Xtr-Mir-129-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054688.2: 23563359-23563422 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-129-P1) |
Mir-129-P1
CM054688.2: 23563359-23563422 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-670 CM054688.2: 23585122-23585185 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AGCCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGAAGCCGGCAUAUUCUGCCCUUCGCGAAUCUUUUUGCGGUCUGGGCUUGCUGUACAUAACUCAAUAGCCGGAAGCCCUUACCCCAAAAAGCAUUUGCGGAGGGCGCACUCUUCGAGAAGACGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGAAGCCGGCAUAUUCU-- -| C CU GCUGUACAUAA GCCCUUCGCGAAU CUUUUUG GGU GGGCUU \ CGGGAGGCGUUUA GAAAAAC CCA CCCGAA C GGCAGAAGAGCUUCUCACG C^ C UU GGCCGAUAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-129-P1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUUUUUGCGGUCUGGGCUUGC -21
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-129-P1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AAGCCCUUACCCCAAAAAGCAU -64
Get sequence
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