| MirGeneDB ID | Pab-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-670 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-670 Cja-Mir-670 Cpo-Mir-670 Dno-Mir-670 Eca-Mir-670 Hsa-Mir-670 Laf-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmr-Mir-670 Mmu-Mir-670 Ocu-Mir-670 Rno-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054688.2: 23585122-23585185 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-129-P1
CM054688.2: 23563359-23563422 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-670 CM054688.2: 23585122-23585185 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUCCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCCUCAUCCAGUUUAGGGGUGGACCUGAUGUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACCUGAAUUUGCCUUGGGUUUCCUCAUAUUCAUUCAGGAGUGUCAGUUGCCCCUUCACGCGACGUUGGAGAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCCUCAUCCAGUUUAG----| UG AC UC U - UG UGAAUU GGG G CUGAUG CCUGAGUG AUGUG G AACC \ CCC U GACUGU GGACUUAC UAUAC C UUGG U CGAGAGGUUGCAGCGCACUUC^ GU -- GA U U CU GUUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-670_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCCUGAGUGUAUGUGGUGAACC -24
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-670_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUCCUCAUAUUCAUUCAGGAGUGU -64
Get sequence
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