| MirGeneDB ID | Cja-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-670 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-670 Cpo-Mir-670 Dno-Mir-670 Eca-Mir-670 Hsa-Mir-670 Laf-Mir-670 Mml-Mir-670 Mmr-Mir-670 Mmu-Mir-670 Ocu-Mir-670 Pab-Mir-670 Rno-Mir-670 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021925.1: 105342742-105342805 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-670) |
Mir-670
CM021925.1: 105342742-105342805 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-129-P1 CM021925.1: 105364478-105364540 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UUCCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUUCAUCCAGUUUAGGGGUGAACCUGAUGUCCCUGAGUGUAUGUGGCGAACCUGGAUUUGCCUUGGGUUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGUCAGUUGCCCCUUCAUGCGACGUUGGAGAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCUUCAUCCAGUUUAG----| UG AC UC -- U C GGAUU GGG A CUGAUG CCUGAGU GUAUG GG GAACCU \ CCC U GACUGU GGACUUA CAUAC CC UUUGGG U CGAGAGGUUGCAGCGUACUUC^ GU -- GA CU U - UUCCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-670_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUCCCUGAGUGUAUGUGGCGAACCU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-670_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UUUCCUCAUACUCAUUCAGGAGUGU -64
Get sequence
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