| MirGeneDB ID | Laf-Mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Cfa-Mir-330 Cja-Mir-330-v1 Cpo-Mir-330-v1 Dno-Mir-330-v1 Eca-Mir-330-v1 Ete-Mir-330-v1 Hsa-Mir-330-v1 Mml-Mir-330-v1 Mmr-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v1 Pab-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010031.1: 4826440-4826503 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGCUGUGUGAUCUUGGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCACGCUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGCCAGCGCUCCGCUCCUUCCGCGGCCCCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUG- AUCA- C -- -| U AG CUGCACG GGCG CUG CUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ UCGC GAC GAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA C CGACCCCCGGCGCCUUCC CUCGC C GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Laf-Mir-330_5p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Laf-Mir-330_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGC -64
Get sequence
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