| MirGeneDB ID | Hsa-Mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Human (Homo sapiens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | hsa-mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Cfa-Mir-330 Cja-Mir-330-v1 Cpo-Mir-330-v1 Dno-Mir-330-v1 Eca-Mir-330-v1 Ete-Mir-330-v1 Laf-Mir-330 Mml-Mir-330-v1 Mmr-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v1 Pab-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (hg38) |
chr19: 45639007-45639070 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v1) |
Mir-330-v1
chr19: 45639007-45639070 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-330-v2 chr19: 45639007-45639070 [-] UCSC Ensembl Mir-642 chr19: 45674943-45674999 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Hsa-Mir-330-v1 |
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| Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGCUGUGUGAUCUUUGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGGCAGCGCUCUGCCCCUUACUCGGCCCCGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUU- - UCA -- -| U AG CUGCAAG GGC GA CUGCCUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ CCG CU GACGGAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA A UUUGCCCCGGCUCAUUCC U CGC GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Hsa-Mir-330-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004693 TargetScanVert: hsa-miR-330-5p TargetMiner: hsa-miR-330-5p miRDB: MIMAT0004693 |
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| Star sequence | Hsa-Mir-330-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGG -64
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000751 TargetScanVert: hsa-miR-330-3p TargetMiner: hsa-miR-330-3p miRDB: MIMAT0000751 |
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| Variant | Hsa-Mir-330-v2 |
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| Seed | CAAAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGCUGUGUGAUCUUUGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGGCAGCGCUCUGCCCCUUACUCGGCCCCGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUU- - UCA -- -| U AG UGCAAG GGC GA CUGCCUCUCUG GGCC UGUG CUU GCUC \ CCG CU GACGGAGAGAC CCGG ACAC GAA CGAG A UUUGCCCCGGCUCAUUCC U CGC GU C^ - A- CCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hsa-Mir-330-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004693 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUC -24
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004693 TargetScanVert: hsa-miR-330-5p TargetMiner: hsa-miR-330-5p miRDB: MIMAT0004693 |
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| Mature sequence | Hsa-Mir-330-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000751 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGG -64
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000751 TargetScanVert: hsa-miR-330-3p TargetMiner: hsa-miR-330-3p miRDB: MIMAT0000751 |
