| MirGeneDB ID | Laf-Mir-430-o44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Laf-Mir-430-P1 Laf-Mir-430-P2 Laf-Mir-430-P3 Laf-Mir-430-P4 Laf-Mir-430-P5 Laf-Mir-430-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mml-Mir-430-P44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. africana | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010031.1: 14891773-14891833 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o44) |
Mir-430-P7
GL010031.1: 14870696-14870755 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P5 GL010031.1: 14891515-14891572 [+] UCSC Ensembl Mir-430-o44 GL010031.1: 14891773-14891833 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAAGGUCUUGAACUGCUCAGCCAGUGGUACUCAAUGUGGAAGCACUCUUCUGUUGUUGUACAUGAGAAAGUGCUUCCGUAUUGGAGUGAUAACGGUGGGCACUACCUUCAAGGGGAAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAAAGGUCUUGAACUG---| G A GG- - C UGUUGUU CUCA CC GU UACUC AAUGUGGAAGCACU UUC \ GGGU GG CA GUGAG UUAUGCCUUCGUGA AAG G CAAAGGGGAACUUCCAUCAC^ - - AUA G - AGUACAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-430-o44_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUCAAUGUGGAAGCACUCUUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-430-o44_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAAGUGCUUCCGUAUUGGAGUGA -61
Get sequence
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