| MirGeneDB ID | Laf-Mir-675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-675 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-675 Cja-Mir-675 Cpo-Mir-675 Dno-Mir-675 Eca-Mir-675 Hsa-Mir-675 Mml-Mir-675 Mmr-Mir-675 Mmu-Mir-675 Neu-Mir-675 Pab-Mir-675 Rno-Mir-675 Sha-Mir-675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Theria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010172.1: 877710-877766 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-675) |
Mir-675
GL010172.1: 877710-877766 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-3 GL010172.1: 878270-878326 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UGUAUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUCCACGCGGCACUGCGGCCCAGGGGCUGGUGCGGGAAGGGCCCACAGUGUGCUUGGUGACACUGUAUGCCUUAACCGCCCAGUCCCUGGGGCUGGCAUGAAGACAGUGCAGUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCUCCACGCGGCACUG- -| U GA CC UGCU CGG CCCAGGGGCUGG GCGG AGGGC ACAGUG U GUC GGGUCCCUGACC CGCC UUCCG UGUCAC G UUGACGUGACAGAAGUACG G^ - AA UA AGUG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-675_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUGCGGGAAGGGCCCACAGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-675_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CUGUAUGCCUUAACCGCCCAGU -57
Get sequence
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