| MirGeneDB ID | Lgi-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1989 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Owl limpet (Lottia gigantea) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | lgi-mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-1989 Cte-Mir-1989 Hru-Mir-1989-P4a Hru-Mir-1989-P4b Lan-Mir-1989-P1 Lan-Mir-1989-P2 Lan-Mir-1989-P3 Llo-Mir-1989 Mgi-Mir-1989 Mom-Mir-1989 Npo-Mir-1989 Ofu-Mir-1989 Pau-Mir-1989 Pcr-Mir-1989 Pdu-Mir-1989-P5 Pdu-Mir-1989-P6 Pdu-Mir-1989-P7 Pdu-Mir-1989-P8 Pdu-Mir-1989-P9 Pdu-Mir-1989-P10 Pve-Mir-1989 Rph-Mir-1989 Sma-Mir-1989 Sme-Mir-1989 Snu-Mir-1989 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Platytrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Lotgi1) |
LOTGIsca_2: 5468355-5468415 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAUCUCGAGUUCUUACACGAGGGAGACUAUCAGCUGUCAUGAUGCCUUCCUGUUUUGGAAGAGUUUGGGUAGGCAUUAUGAAGGUUGGUAAUUUCCUUUGUUAAAAUCAACAACUCCCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUCUCGAGUUCUUAC--| C G U GUUUUGG ACGAGGGAGA UAUCAGCU UCAUGAUGCCU CCU \ UGUUUCCUUU AUGGUUGG AGUAUUACGGA GGG A CACCCUCAACAACUAAAAU^ A A U UUUGAGA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Lgi-Mir-1989_5p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0009730 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCAGCUGUCAUGAUGCCUUCCU -22
Get sequence
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| Star sequence | Lgi-Mir-1989_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GUAGGCAUUAUGAAGGUUGGUA -61
Get sequence
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