| MirGeneDB ID | Lhy-Mir-92-o107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Laevipilina (Monoplacophora) (Laevipilina hyalina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Lhy-Mir-92-o103 Lhy-Mir-92-o104 Lhy-Mir-92-o105 Lhy-Mir-92-o106 Lhy-Mir-92-o108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. hyalina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Mono_atcgn_nospaces) |
scaffold529593_49.1: 3839-3899 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o107) |
Mir-92-o108
scaffold529593_49.1: 3118-3176 [-]
Ensembl
Mir-92-o107 scaffold529593_49.1: 3839-3899 [-] Ensembl Mir-92-o106 scaffold529593_49.1: 4739-4795 [-] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGGGUAACGCGACUCUGUUUGAAACGAGAAGGUGGUGACUUGUGCAAAUUUGGUGUUGUUUCAUUCCCAAUUGCACUCGUCCCGGCCUGCUUGUUUUGGGGAAAACGUCCAUAUUUGCCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AAGGGUAACGCGACUCUG-- UG A -| U UU AU UGUUGU UU AAACGAG AGG UGG GAC GUGCAA UUGG \ GG UUUGUUC UCC GCC CUG CACGUU AACC U ACCGUUUAUACCUGCAAAAG GU G G^ - CU -- CUUACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as oLhyans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Lhy-Mir-92-o107_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGGUGACUUGUGCAAAUUUGG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Lhy-Mir-92-o107_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AAUUGCACUCGUCCCGGCCUGC -61
Get sequence
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