| MirGeneDB ID | Llo-Mir-87-o25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-87 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Llo-Mir-87-o24 Llo-Mir-87-o26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-87 Sne-Mir-87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU343007.1: 5143452-5143509 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-87-o25) |
Mir-87-o24
OU343007.1: 5142453-5142511 [+]
Ensembl
Mir-87-o25 OU343007.1: 5143452-5143509 [+] Ensembl Mir-87-o26 OU343007.1: 5143736-5143795 [+] Ensembl |
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| Seed | UGAGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGAACCCAAUAGCGAUGCACAUGUCUGCUAUGCCUGAAAUUUUCGCUAUAGCCUGUUAGCUGAAGGUGAGCAAUGUUUCAGGUGUGAGCCACAGGUGGCGUUGCCAUCUGCGGCCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAGAACCCAAUAGCGAUG--| A CU - U C AUA GUUA CAC UGU GCU AUGCCUGAAAU UU GCU GCCU \ GUG ACA CGA UGUGGACUUUG AA CGA UGGA G UUCCGGCGUCUACCGUUGCG^ G C- G U - G-- AGUC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Llo-Mir-87-o25_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUGCCUGAAAUUUUCGCUAUAGCCU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Llo-Mir-87-o25_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- GUGAGCAAUGUUUCAGGUGUGA -58
Get sequence
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