| MirGeneDB ID | Loc-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-193-P1a Loc-Mir-193-P1b Loc-Mir-193-P1b-as Loc-Mir-193-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-193-P2a Bge-Mir-193-P2 Bta-Mir-193-P2a Cbr-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v1 Cfa-Mir-193-P2a Cja-Mir-193-P2a Cli-Mir-193-P2a Cmi-Mir-193-P2a Cpi-Mir-193-P2a Cpo-Mir-193-P2a Cte-Mir-193-P2 Dgr-Mir-193-P2 Dlo-Mir-193-P2 Dno-Mir-193-P2a Dre-Mir-193-P2a Ebu-Mir-193-P2 Eca-Mir-193-P2a Ete-Mir-193-P2a Gga-Mir-193-P2a Hme-Mir-193-P2 Hru-Mir-193-P2 Hsa-Mir-193-P2a Laf-Mir-193-P2a Lch-Mir-193-P2a Lgi-Mir-193-P2 Llo-Mir-193-P2-v1 Mdo-Mir-193-P2a Mgi-Mir-193-P2 Mml-Mir-193-P2a Mmr-Mir-193-P2a Mmu-Mir-193-P2a Mun-Mir-193-P2a Neu-Mir-193-P2a Oan-Mir-193-P2a Ocu-Mir-193-P2a Pab-Mir-193-P2a Pau-Mir-193-P2 Pbv-Mir-193-P2a Pdu-Mir-193-P2 Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Pve-Mir-193-P2 Rno-Mir-193-P2a Rph-Mir-193-P2 Sha-Mir-193-P2a Sko-Mir-193-P2 Snu-Mir-193-P2 Spt-Mir-193-P2a Spu-Mir-193-P2 Sro-Mir-193-P2 Sto-Mir-193-P2a Tca-Mir-193-P2 Tgu-Mir-193-P2a Xbo-Mir-193-P2 Xla-Mir-193-P2a3 Xla-Mir-193-P2a4 Xtr-Mir-193-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG13: 139122-139182 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2a) |
Mir-193-P2a
LG13: 139122-139182 [-]
Ensembl
Mir-193-P1a LG13: 139897-139955 [-] Ensembl |
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| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAUGUGUUUAUUUACCGCAGGGAAAAUGAGGGGCUUUUGGGGGCAGUUGUGUUUCAGUUUCACUAUCAUAAUGCCCCUAAAAAUCCUUAUUGCUCUUGCAGUUAUCAGCAAUGCAGAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UGAAUGUGUUUAUUUACC--| AA GC G UUUCAGU GCAGGG AAUGAGGG UUUUGGGGGCA UUGUG \ CGUUCU UUAUUCCU AAAAUCCCCGU AAUAC U GAAGACGUAACGACUAUUGA^ CG A- - UAUCACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | A "T" is genomically encoded at the 3' end of the 3p arm but it is assumed that the 3p arm is post-transcriptionally modified like its orthologues in other vertebrates. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-193-P2a_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGGCUUUUGGGGGCAGUUGUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-193-P2a_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UAAUGCCCCUAAAAAUCCUUA -61
Get sequence
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