| MirGeneDB ID | Loc-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG7: 17096511-17096569 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
LG7: 17096511-17096569 [+]
Ensembl
Mir-203-v2 LG7: 17096511-17096569 [+] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUAGCUGGAUUUUCUGUCUCUCUGGUGCAGUGGUUCUAAACAGUUCAACAGUUCUUACCAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCAGGGGGAUGAUAGCCUCAAAUGAGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUAGCUGGAUUUUCU--| GC G A GUUCUU GUCUCUCUGGU AGUGGUUCUAAACA UUCA CA A UAGGGGGACUA UCACCAGGAUUUGU AAGU GU C AGAGAGUAAACUCCGAUAG^ GU A - UAAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUAAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -59
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGUAGCUGGAUUUUCUGUCUCUCUGGUGCAGUGGUUCUAAACAGUUCAACAGUUCUUACCAAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCAGGGGGAUGAUAGCCUCAAAUGAGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGUAGCUGGAUUUUCU--| GC G A UUCUU GUCUCUCUGGU AGUGGUUCUAAACA UUCA CAG A UAGGGGGACUA UCACCAGGAUUUGU AAGU GUU C AGAGAGUAAACUCCGAUAG^ GU A - AAAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUAAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -59
Get sequence
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