| MirGeneDB ID | Loc-Mir-722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-722 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-722-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-722 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG10: 41985440-41985504 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-722-v2) |
Mir-722-v1
LG10: 41985440-41985504 [-]
Ensembl
Mir-722-v2 LG10: 41985440-41985504 [-] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-722-v2 |
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| Seed | UUGCAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUUGCCAAGAGACUGGAACAGAAUGGAAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUCCAUGGUAAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGUUCCGUUCUCCAACUUCGGCCCGGAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUUGCCAAGAGACUG--| A A C AUGUUUCCAU GAAC GAAUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAA \ CUUG CUUGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUU G CAAGGCCCGGCUUCAACCU^ C A U UGUGGAAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-722-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAA -21
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-722-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- UUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-722-v1 |
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| Seed | UUUGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCUUUGCCAAGAGACUGGAACAGAAUGGAAUUUGAAACGUUUUAGCCAAAAAUGUUUCCAUGGUAAAGGUGUUUUUUGCAGAAACGUUUCAGAUUUCGUUCCGUUCUCCAACUUCGGCCCGGAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCUUUGCCAAGAGACUG--| A A C UGUUUCCAU GAAC GAAUGGAAUUUGAAACGUUUU GC AAAAA \ CUUG CUUGCUUUAGACUUUGCAAAG CG UUUUU G CAAGGCCCGGCUUCAACCU^ C A U GUGGAAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-722-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUUGAAACGUUUUAGCCAAAAA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-722-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
43- UUUUGCAGAAACGUUUCAGAUU -65
Get sequence
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