| MirGeneDB ID | Loc-Novel-4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | LOC-NOVEL-4 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | L. oculatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG21: 5365345-5365401 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-4) |
Mir-126-P2-v1
LG21: 5364141-5364200 [+]
Ensembl
Mir-126-P2-v2 LG21: 5364141-5364200 [+] Ensembl Mir-126-P2-v3 LG21: 5364141-5364200 [+] Ensembl Novel-4 LG21: 5365345-5365401 [+] Ensembl |
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| Seed | GAAUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAUUAUGUCAAAAUGCAAUGCACUGAAGGACCAGAAAUGAGACACUCGUAUUUGGAGCAUAUAUGAAUGUCUCACUUCUGCACCUUUAGUGGUGACGGUAAGGGCUAGUAUUUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAAUUAUGUCAAAAUGCAAUG--| AC A C UUUGG CACUGAAGG CAGAA UGAGACA UCGUA \ GUGAUUUCC GUCUU ACUCUGU AGUAU A UAUUUAUGAUCGGGAAUGGCAGUG^ AC C A AUACG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Novel-4_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GACCAGAAAUGAGACACUCGUA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Novel-4_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAAUGUCUCACUUCUGCACCU -57
Get sequence
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