| MirGeneDB ID | Mal-Mir-724-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-724-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-724-P2-v1 Gmo-Mir-724-P2-v1 Tni-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884706.1: 2469955-2470015 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-P2-v1) |
Mir-724-P2-v1
KV884706.1: 2469955-2470015 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-724-P2-v2 KV884706.1: 2469956-2470014 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-724-P2-v1 |
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| Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAGGCACAGAACACCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAGUCAAAACAUUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUAUCUCUCUGACUGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACAGGCACAGAACACC-- ACU -| UU CGA AGUCAA CAGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A GUCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA A CCGUCAGUCUCUCUAUCUC CGU A^ CC ACC GAUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-724-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-724-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -61
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-724-P2-v2 |
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| Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGGCACAGAACACCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAGUCAAAACAUUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUAUCUCUCUGACUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGGCACAGAACACCC-- ACU -| UU CGA AGUCAA AGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A UCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA A CGUCAGUCUCUCUAUCUCG CGU A^ CC ACC GAUUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-724-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-724-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -59
Get sequence
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