| MirGeneDB ID | Mgi-Mir-216-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-216 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pacific oyster (Magallana gigas) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mgi-Mir-216-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-216-P2 Aga-Mir-216-P2 Agr-Mir-216-P2d Asu-Mir-216-P2 Ava-Mir-216-P2 Bfl-Mir-216-P2 Bge-Mir-216-P2 Bko-Mir-216-P2 Bla-Mir-216-P2 Bpl-Mir-216-P2 Cbr-Mir-216-P2 Cel-Mir-216-P2 Csc-Mir-216-P2 Cte-Mir-216-P2d Dan-Mir-216-P2 Dlo-Mir-216-P2 Dma-Mir-216-P2 Dme-Mir-216-P2 Dmo-Mir-216-P2 Dpu-Mir-216-P2 Dsi-Mir-216-P2 Dya-Mir-216-P2 Esc-Mir-216-P2d Hme-Mir-216-P2 Hru-Mir-216-P2d Isc-Mir-216-P2 Lan-Mir-216-P2d1 Lan-Mir-216-P2d2 Lgi-Mir-216-P2d Lhy-Mir-216-P2d Llo-Mir-216-P2d Mom-Mir-216-P2d Npo-Mir-216-P2d Obi-Mir-216-P2d Ofu-Mir-216-P2d Ovu-Mir-216-P2d Pau-Mir-216-P2d Pca-Mir-216-P2 Pdu-Mir-216-P2d Pve-Mir-216-P2d Rph-Mir-216-P2d Snu-Mir-216-P2d Tca-Mir-216-P2 Tur-Mir-216-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lophotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (CGI_GCA_000297895.1) |
scaffold1785: 68810-68867 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-216-P2d) |
Mir-12
scaffold1785: 68054-68110 [-]
Ensembl
Mir-216-P2d scaffold1785: 68810-68867 [-] Ensembl Mir-216-P1 scaffold1785: 69359-69417 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAUCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUCUUGCCUGAUCCUGAUGAUGUUUGCCUAAUCUCAGCUGGUAAUUCUGAGUUGAGCAAGACCUCAAGUUACUAGCCGAGAUUACACAAGUGUCUCCAGUGCCUUCACACUAACCCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUCUCUUGCCUGAUCCU---| U UG CC A C UUGAG GA GA UUUG UAAUCUC GCUGGUAAUU UGAG \ CU CU GAAC AUUAGAG CGAUCAUUGA ACUC C CCCAAUCACACUUCCGUGAC^ - GU AC C - CAGAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mgi-Mir-216-P2d_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAUCUCAGCUGGUAAUUCUGAG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mgi-Mir-216-P2d_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAAGUUACUAGCCGAGAUUACA -58
Get sequence
|
