| MirGeneDB ID | Mmr-Mir-505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-505 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray mouse lemur (Microcebus murinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-505-v1 Cfa-Mir-505-v1 Cja-Mir-505 Cpo-Mir-505-v1 Dno-Mir-505-v1 Eca-Mir-505-v1 Ete-Mir-505-v1 Hsa-Mir-505-v1 Laf-Mir-505-v1 Mml-Mir-505-v1 Mmu-Mir-505-v1 Ocu-Mir-505-v1 Pab-Mir-505-v1 Rno-Mir-505-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000165445.3_Mmur_3.0_genomic) |
CM007693.1: 80620147-80620205 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-505-v1) |
Mir-505-v1
CM007693.1: 80620147-80620205 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-505-v2 CM007693.1: 80620147-80620205 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmr-Mir-505-v1 |
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| Seed | GUCAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCAGUGGUAAAUUGAUGCCCCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUUUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCAGUGGUAAAUUG---| CC UG G A UCUGC AUGC CCAG GGGGAGCCAG AAGU UUGAUGUU \ UACG GGUC UCCUUUGGUC UUCA AACUGCGA C CUUUUAGGUGCUUGAACCAC^ A- UU G C UUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-505-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-505-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CGUCAACACUUGCUGGUUUCCUU -59
Get sequence
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| Variant | Mmr-Mir-505-v2 |
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| Seed | UCAACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCCAGUGGUAAAUUGAUGCCCCCAGUGGGGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGUUUCUGCCAGUUUAGCGUCAACACUUGCUGGUUUCCUUUCUGGAGCAUCACCAAGUUCGUGGAUUUUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCCAGUGGUAAAUUG---| CC UG G A UUCUGC AUGC CCAG GGGGAGCCAG AAGU UUGAUGU \ UACG GGUC UCCUUUGGUC UUCA AACUGCG C CUUUUAGGUGCUUGAACCAC^ A- UU G C AUUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmr-Mir-505-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGGAGCCAGGAAGUAUUGAUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mmr-Mir-505-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- GUCAACACUUGCUGGUUUCCUU -59
Get sequence
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