| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-138 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-138-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-138-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-138-P2 Ami-Mir-138-P2 Bta-Mir-138-P2 Cfa-Mir-138-P2 Cja-Mir-138-P2 Cli-Mir-138-P2 Cmi-Mir-138-P2 Cpi-Mir-138-P2 Cpo-Mir-138-P2 Dno-Mir-138-P2 Dre-Mir-138-P2 Eca-Mir-138-P2 Ete-Mir-138-P2 Gga-Mir-138-P2 Gja-Mir-138-P2 Gmo-Mir-138-P2 Hsa-Mir-138-P2 Laf-Mir-138-P2 Lch-Mir-138-P2 Loc-Mir-138-P2 Mal-Mir-138-P2 Mdo-Mir-138-P2 Mml-Mir-138-P2 Mmr-Mir-138-P2 Neu-Mir-138-P2 Oan-Mir-138-P2 Ocu-Mir-138-P2 Pab-Mir-138-P2 Pbv-Mir-138-P2 Pma-Mir-138-o2 Rno-Mir-138-P2 Sha-Mir-138-P2 Spt-Mir-138-P2 Sto-Mir-138-P2 Tgu-Mir-138-P2 Tni-Mir-138-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr8: 94324312-94324379 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCUGGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGCCACCCAUUUCUGGUAUGGUUGCUGCAGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCGACGAGCAGCGCAUCCUCUUACCCGGCUAUUUCACGACACCAGGGUUGCACCCUACCCAUCCUCUCCAGGCAAGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAAGCCACCCAUUUCUG---| U U U AG UCA ACGAGCAGCG GUA GGU GC GC CUGGUGUUGUGAA GGCCG C CAU CCA CG UG GACCACAGCACUU UCGGC A GCGAACGGACCUCUCCUACC^ C - U G- UA- CCAUUCUCCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Although usually templated it is assummed that Mir-138-P2 is often a Group 2 miRNA given the available 3' DcRNA reads as well as a mutation in python and some of the fish at the very 3' terminus that supports the terminal addition of the 3' uridine. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-138-P2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGGUGUUGUGAAUCAGGCCG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000150 TargetScanVert: mmu-miR-138-5p miRDB: MIMAT0000150 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-138-P2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0016987 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
47- GCUAUUUCACGACACCAGGGU -68
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-138-2-3p miRDB: MIMAT0016987 |
