| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-140-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-140 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-140-P2-v1 Ami-Mir-140-P2-v1 Bta-Mir-140-P2-v1 Cfa-Mir-140-P2-v1 Cja-Mir-140-P2-v1 Cli-Mir-140-P2-v1 Cmi-Mir-140-P2-v1 Cpi-Mir-140-P2-v1 Cpo-Mir-140-P2-v1 Dno-Mir-140-P2-v1 Dre-Mir-140-P2-v1 Eca-Mir-140-P2-v1 Ete-Mir-140-P2-v1 Gga-Mir-140-P2-v1 Gja-Mir-140-P2-v1 Gmo-Mir-140-P2-v1 Hsa-Mir-140-P2-v1 Lch-Mir-140-P2 Loc-Mir-140-P2-v1 Mal-Mir-140-P2-v1 Mdo-Mir-140-P2-v1 Mml-Mir-140-P2-v1 Mmr-Mir-140-P2-v1 Mun-Mir-140-P2-v1 Neu-Mir-140-P2-v1 Oan-Mir-140-P2-v1 Ocu-Mir-140-P2-v1 Pab-Mir-140-P2-v1 Pma-Mir-140-o2 Rno-Mir-140-P2-v1 Sha-Mir-140-P2-v1 Spt-Mir-140-P2 Sto-Mir-140-P2-v1 Tgu-Mir-140-P2-v1 Tni-Mir-140-P2-v1 Xla-Mir-140-P2a-v1 Xla-Mir-140-P2b-v1 Xtr-Mir-140-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr8: 107551249-107551310 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-140-P2-v1) |
Mir-140-P2-v1
chr8: 107551249-107551310 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-140-P2-v2 chr8: 107551249-107551310 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-140-P2-v1 |
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| Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCCCUGUGUGUCUCUCUCUGUGUCCUGCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGGUACUGGAGCACCCUCUGCAUCGAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCCCUGUGUGUCUCU- - GU -| A A GUUACGU CUCU GU CCUG CC GUGGUUUUACCCU UGGUAG C GAGG CA GGAC GG CACCAAGAUGGGA ACCAUC A GGAAGCUACGUCUCCCAC U UG A^ - C UUGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-140-P2-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAG -22
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000151 TargetScanVert: mmu-miR-140-5p miRDB: MIMAT0000151 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-140-P2-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000152 TargetScanVert: mmu-miR-140-3p.2 miRDB: MIMAT0000152 |
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| Variant | Mmu-Mir-140-P2-v2 |
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| Seed | ACCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCCCUGUGUGUCUCUCUCUGUGUCCUGCCAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGGUUACGUCAUGCUGUUCUACCACAGGGUAGAACCACGGACAGGGUACUGGAGCACCCUCUGCAUCGAAGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCCCUGUGUGUCUCU- - GU -| A A UUACGU CUCU GU CCUG CC GUGGUUUUACCCU UGGUAGG C GAGG CA GGAC GG CACCAAGAUGGGA ACCAUCU A GGAAGCUACGUCUCCCAC U UG A^ - C UGUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-140-P2-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0000151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAGUGGUUUUACCCUAUGGUAGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000151 TargetScanVert: mmu-miR-140-5p miRDB: MIMAT0000151 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-140-P2-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UACCACAGGGUAGAACCACGGAC -62
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000152 TargetScanVert: mmu-miR-140-3p.2 miRDB: MIMAT0000152 |
