| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-1962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1962 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-1962 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Rno-Mir-1962-P1 Rno-Mir-1962-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Muridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr7: 135566193-135566255 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGCAUUUGCAAACUAUGUAGUCAGUCAGUGGUCCCAUCUGUCUGCCUCUCUCUCGUUCAGUUUCCAUGGAGAGGCUGGCACUGGGACACAUGACUGAUGGUAUGCUCCCCGCUGCAGUCCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGCAUUUGCAAACUAUGUA--| GUG UC U CUCGUUC GUCAGUCA GUCCCA UGUC GCCUCUCU A UAGUCAGU CAGGGU ACGG CGGAGAGG G CCCUGACGUCGCCCCUCGUAUGG^ ACA C- U UACCUUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-1962_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCCCAUCUGUCUGCCUCUCU -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mmu-Mir-1962_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AGAGGCUGGCACUGGGACACAU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0009435 TargetScanVert: mmu-miR-1962 miRDB: MIMAT0009435 |
