| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-214 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mmu-Mir-214-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-214 Laf-Mir-214 Lch-Mir-214 Mun-Mir-214 Pab-Mir-214 Spt-Mir-214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr1: 162223397-162223459 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-214-v2) |
Mir-199-P1-v1
chr1: 162217844-162217904 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-199-P1-v2 chr1: 162217844-162217904 [+] UCSC Ensembl Mir-199-P1-v3 chr1: 162217844-162217904 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v1 chr1: 162223397-162223459 [+] UCSC Ensembl Mir-214-v2 chr1: 162223397-162223459 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-214-v2 |
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| Seed | ACAGCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCCUGGCUGGACAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCGCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACCACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCUGGCUGGACAGA--| U ACA GAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGCA \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUGU C ACCACCAGUAAGUCCGACC^ U CAC CCACUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-214-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGCA -23
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004664 TargetScanVert: mmu-miR-214-5p miRDB: MIMAT0004664 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-214-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
|
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000661 TargetScanVert: mmu-miR-214-3p miRDB: MIMAT0000661 |
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| Variant | Mmu-Mir-214-v1 |
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| Seed | CAGCAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCCUGGCUGGACAGAGUUGUCAUGUGUCUGCCUGUCUACACUUGCUGUGCAGAACAUCCGCUCACCUGUACAGCAGGCACAGACAGGCAGUCACAUGACAACCCAGCCUGAAUGACCACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCCUGGCUGGACAGA--| U ACA AGAACAUC GUUGUCAUGUG CUGCCUGUCU CUUGCUGUGC \ CAACAGUACAC GACGGACAGA GGACGACAUG C ACCACCAGUAAGUCCGACC^ U CAC UCCACUCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-214-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004664 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCCUGUCUACACUUGCUGUGC -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004664 TargetScanVert: mmu-miR-214-5p miRDB: MIMAT0004664 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-214-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0000661 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACAGCAGGCACAGACAGGCAGU -63
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000661 TargetScanVert: mmu-miR-214-3p miRDB: MIMAT0000661 |
