| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3085 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-3085 Cfa-Mir-3085 Cja-Mir-3085 Cpo-Mir-3085 Dno-Mir-3085 Ete-Mir-3085 Hsa-Mir-3085 Laf-Mir-3085 Mml-Mir-3085 Mmr-Mir-3085 Ocu-Mir-3085 Pab-Mir-3085 Rno-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr19: 42280095-42280155 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUCCAUCACCAACAGUCCCAACUCUGGGAAGGUGCCAUUCCGAGGGCCAAGAGUCUGAAUAUGAGUCACUCUGGCUGCUAUGGCCCCCUCCCAGGGCUUGGGCAUCACAUCCCUACCAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUCCAUCACCAACAGU- -| A U UCCGAG A CUGAAU CCCAA CUCUGGGA GG GCCAU GGCCA GAGU \ GGGUU GGGACCCU CC CGGUA UCGGU CUCA A GAACCAUCCCUACACUAC C^ C C UCG--- - CUGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-3085_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGCCAUUCCGAGGGCCAAGAGU -25
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3085-5p miRDB: MIMAT0014878 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-3085_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014879 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCUGGCUGCUAUGGCCCCCUC -61
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3085-3p miRDB: MIMAT0014879 |
