| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-3101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3101 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-3101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. musculus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr7: 27176020-27176078 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-3101-v1) |
Mir-3101-v2
chr7: 27176019-27176079 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-3101-v1 chr7: 27176020-27176078 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mmu-Mir-3101-v1 |
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| Seed | AGCUUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCAGUGGGGCAGCAGGUGGGGUAGGUAGCAGGUACCAUUGACUAAAGCUAGUACUAUAGGCUUGCCUCUAGCUUUGGUGGAUGGUCUUUGCUAAGUUCUCUGCCAACCCAGCAGUGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCAGUGGGGCAGCAGGU-| UAGG U G UACUAUA GGGG UAGCAGG ACCAUU ACUAAAGCUAG G UCUC AUCGUUU UGGUAG UGGUUUCGAUC G AGAGUGACGACCCAACCG^ UUGA C G UCCGUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-3101-v1_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GGUACCAUUGACUAAAGCUAGU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3101-5p miRDB: MIMAT0014921 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-3101-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAGCUUUGGUGGAUGGUCUUU -59
Get sequence
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| Proposed targets |
miRDB: MIMAT0014922 |
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| Variant | Mmu-Mir-3101-v2 |
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| Seed | GCUUUGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCAGUGGGGCAGCAGGUGGGGUAGGUAGCAGGUACCAUUGACUAAAGCUAGUACUAUAGGCUUGCCUCUAGCUUUGGUGGAUGGUCUUUGCUAAGUUCUCUGCCAACCCAGCAGUGAGAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUCAGUGGGGCAGCAGGU-| UAGG U G UACUAUA GGGG UAGCAGG ACCAUU ACUAAAGCUAG G UCUC AUCGUUU UGGUAG UGGUUUCGAUC G AAGAGUGACGACCCAACCG^ UUGA C G UCCGUUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-3101-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUACCAUUGACUAAAGCUAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-3101-5p miRDB: MIMAT0014921 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-3101-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0014922 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AGCUUUGGUGGAUGGUCUUUG -61
Get sequence
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| Proposed targets |
miRDB: MIMAT0014922 |
