| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-339 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-339 Cfa-Mir-339 Cja-Mir-339 Cpo-Mir-339 Dno-Mir-339 Eca-Mir-339 Ete-Mir-339 Hsa-Mir-339 Laf-Mir-339 Mml-Mir-339 Mmr-Mir-339 Ocu-Mir-339 Pab-Mir-339 Rno-Mir-339 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr5: 139369673-139369730 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCCUGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGUGCAGAGCUGGACGGGGUGGCCACUAUCCCUGUCCUCCAGGAGCUCACGUAUGCCUGCCUGUGAGCGCCUCGGCGACAGAGCCGGUGUCCACCCCUGCACUGUCCACAGACCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGUGCAGAGCUGGAC--| C AUCC CU - A UAUG GGGGUGG CACU CUGUC CC AGG GCUCACG C CCCCACC GUGG GACAG GG UCC CGAGUGU C UCCCAGACACCUGUCACGU^ U CCGA C- C G CCGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-339_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0000584 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCCUGUCCUCCAGGAGCUCACG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000584 TargetScanVert: mmu-miR-339-5p miRDB: MIMAT0000584 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-339_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0004649 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAGCGCCUCGGCGACAGAGCCG -58
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004649 TargetScanVert: mmu-miR-339-3p miRDB: MIMAT0004649 |
