| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-486 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-486a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-486 Cfa-Mir-486 Cja-Mir-486 Cpo-Mir-486 Dno-Mir-486 Eca-Mir-486 Ete-Mir-486 Hsa-Mir-486 Laf-Mir-486 Mml-Mir-486 Mml-Mir-486-as Mmr-Mir-486 Ocu-Mir-486 Pab-Mir-486 Rno-Mir-486 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr8: 23142587-23142650 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCUGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCCAGCUCUGAUCUCGCCCUCCCUGAGGGGUCCUGUACUGAGCUGCCCCGAGGUCCUUCACUGUGCUCAGCUCGGGGCAGCUCAGUACAGGAUGCGUCAGGGUGGGAGACAACGGGGAACAAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60
GCCAGCUCUGAUCUCGC--| U GGG GUCCUUCA
CC CCCUGA GUCCUGUACUGAGCUGCCCCGAG C
GG GGGACU UAGGACAUGACUCGACGGGGCUC U
CGAACAAGGGGCAACAGAG^ U GCG GACUCGUG
120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Mir-486 is palindromic. This orientation is 5'-3' with respect to the host gene, as well as rabbit and cow where the mature and star sequences differ. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mmu-Mir-486_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003130 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCUGUACUGAGCUGCCCCGAG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003130 TargetScanVert: mmu-miR-486a-5p miRDB: MIMAT0003130 |
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| Star sequence | Mmu-Mir-486_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- CGGGGCAGCUCAGUACAGGAUG -64
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-486a-3p miRDB: MIMAT0017206 |






