| MirGeneDB ID | Oan-Mir-199-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-199 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-199-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-199-P2-v1 Ami-Mir-199-P2-v1 Bta-Mir-199-P2-v1 Cfa-Mir-199-P2-v1 Cja-Mir-199-P2-v1 Cli-Mir-199-P2-v1 Cmi-Mir-199-P2-v1 Cpi-Mir-199-P2-v1 Cpo-Mir-199-P2-v1 Dno-Mir-199-P2-v1 Dre-Mir-199-P2a-v1 Dre-Mir-199-P2b-v1 Eca-Mir-199-P2-v1 Ete-Mir-199-P2-v1 Gga-Mir-199-P2-v1 Gja-Mir-199-P2-v1 Gmo-Mir-199-P2a-v1 Hsa-Mir-199-P2-v1 Laf-Mir-199-P2-v1 Lch-Mir-199-P2 Loc-Mir-199-P2-v1 Mal-Mir-199-P2a-v1 Mdo-Mir-199-P2-v1 Mml-Mir-199-P2-v1 Mmr-Mir-199-P2-v1 Mmu-Mir-199-P2-v1 Ocu-Mir-199-P2-v1 Pab-Mir-199-P2-v1 Pbv-Mir-199-P2-v1 Pma-Mir-199-o2-v1 Rno-Mir-199-P2-v1 Sha-Mir-199-P2-v1 Spt-Mir-199-P2 Sto-Mir-199-P2-v1 Tgu-Mir-199-P2-v1 Tni-Mir-199-P2a-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041731.1: 32349237-32349297 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-199-P2-v1) |
Mir-199-P2-v1
NC_041731.1: 32349237-32349297 [+]
Mir-199-P2-v2 NC_041731.1: 32349237-32349297 [+] Mir-199-P2-v3 NC_041731.1: 32349237-32349297 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Oan-Mir-199-P2-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGACAGGCCGAGAGGCUCCACUCCGUCUGCCCAGUGUUUAGACUACCUGUUCACUGCUCCAAGAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGAGACGCACGCCGACCCACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGACAGGCCGAGAGGC- CU -| C U C U ACUGCU UCCA CC GUCUG CCAGUGU UAGACUAC UGU C C GGGU GG CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA G C CACCCAGCCGCACGCAGA CG U^ U C - U UUAGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-199-P2-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUUAGACUACCUGUUC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-199-P2-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Oan-Mir-199-P2-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAGUAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGACAGGCCGAGAGGCUCCACUCCGUCUGCCCAGUGUUUAGACUACCUGUUCACUGCUCCAAGAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGAGACGCACGCCGACCCACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGACAGGCCGAGAGGC- CU -| C U C U CUGCU UCCA CC GUCUG CCAGUGU UAGACUAC UGU CA C GGGU GG CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA GU C CACCCAGCCGCACGCAGA CG U^ U C - U UAGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-199-P2-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUUAGACUACCUGUUCA -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-199-P2-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UACAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Oan-Mir-199-P2-v3 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUAGUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGACAGGCCGAGAGGCUCCACUCCGUCUGCCCAGUGUUUAGACUACCUGUUCACUGCUCCAAGAUUGUACAGUAGUCUGCACAUUGGUUAGGCUGGGCUGGGAGACGCACGCCGACCCACGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGACAGGCCGAGAGGC- CU -| C U C UCACUGCU UCCA CC GUCUG CCAGUGU UAGACUAC UGU C GGGU GG CGGAU GGUUACA GUCUGAUG ACA C CACCCAGCCGCACGCAGA CG U^ U C - UGUUAGAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-199-P2-v3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAGUGUUUAGACUACCUGUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-199-P2-v3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAGUAGUCUGCACAUUGGUUA -61
Get sequence
|
