| MirGeneDB ID | Oan-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-203-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041728.1: 64035377-64035437 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-v2) |
Mir-203-v1
NC_041728.1: 64035377-64035436 [+]
Mir-203-v2 NC_041728.1: 64035377-64035437 [+] |
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| Variant | Oan-Mir-203-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGGACCCACGCGGCAGUCUCCCUGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUGGCCUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCCGGGCAGGCCUCGGCAGCGGCGAAGGCGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGGACCCACGCGGCA-- -| U GC U G A GUUCUCU GUCU CCC GGU AGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CGGA GGG CCA UCACCAGGA UUGU AAGU GU G GCGGAAGCGGCGACGGCUC C^ C GU U A - UAAUCCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Unlike most other vertebrates this appears to be a separate DICER cut in addition to a 3' monouridylation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Oan-Mir-203-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Oan-Mir-203-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUGA -61
Get sequence
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| Variant | Oan-Mir-203-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGGGGACCCACGCGGCAGUCUCCCUGGUGCAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUGGCCUAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGACCCGGGCAGGCCUCGGCAGCGGCGAAGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGGGGACCCACGCGGCA- -| U GC U G A UUCUCU GUCU CCC GGU AGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ CGGA GGG CCA UCACCAGGA UUGU AAGU GUU G CGGAAGCGGCGACGGCUC C^ C GU U A - AAUCCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Oan-Mir-203-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Oan-Mir-203-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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