| MirGeneDB ID | Oan-Mir-8-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-8-P1a Oan-Mir-8-P1b Oan-Mir-8-P2a Oan-Mir-8-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-8 Aga-Mir-8 Agr-Mir-8 Asu-Mir-8 Bfl-Mir-8-P2 Bge-Mir-8 Bko-Mir-8 Bla-Mir-8-P2 Bpl-Mir-8 Bta-Mir-8-P2b Cbr-Mir-8 Cel-Mir-8 Cfa-Mir-8-P2b Cin-Mir-8-P2 Cja-Mir-8-P2b Cpo-Mir-8-P2b Csc-Mir-8 Cte-Mir-8 Dan-Mir-8 Dgr-Mir-8 Dlo-Mir-8 Dma-Mir-8 Dme-Mir-8 Dmo-Mir-8 Dno-Mir-8-P2b Dpu-Mir-8 Dre-Mir-8-P2b Dsi-Mir-8 Dya-Mir-8 Eba-Mir-8 Eca-Mir-8-P2b Egr-Mir-8 Esc-Mir-8 Ete-Mir-8-P2b Gpa-Mir-8 Gsa-Mir-8 Hme-Mir-8 Hru-Mir-8 Hsa-Mir-8-P2b Isc-Mir-8 Laf-Mir-8-P2b Lan-Mir-8 Lgi-Mir-8 Lhy-Mir-8 Llo-Mir-8 Mdo-Mir-8-P2b Mgi-Mir-8 Mml-Mir-8-P2b Mmr-Mir-8-P2b Mmu-Mir-8-P2b Mom-Mir-8 Npo-Mir-8 Obi-Mir-8 Ocu-Mir-8-P2b Ofu-Mir-8 Ovu-Mir-8 Pab-Mir-8-P2b Pau-Mir-8 Pca-Mir-8 Pdu-Mir-8 Pfl-Mir-8 Pmi-Mir-8 Pve-Mir-8 Rno-Mir-8-P2b Rph-Mir-8 Sha-Mir-8-P2b Sko-Mir-8 Sma-Mir-8 Snu-Mir-8 Spu-Mir-8 Tca-Mir-8 Tur-Mir-8 War-Mir-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Nephrozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041752.1: 1494907-1494971 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-8-P2b) |
Mir-8-P1b
NC_041752.1: 1494618-1494681 [+]
Mir-8-P2b NC_041752.1: 1494907-1494971 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AACACUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGGCCCGUCCACCCGGCUGGUCCUGGGGCCGUCUUCCAGCGCAGUGCCGGGUGGUGUGGCCUCGAGGCUCCUAACACUGUCUGGUAAAGAUGGCUCCAGGCUCAGUGAUGGACACCCCCCUCCUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GUGGCCCGUCCACCCGG-- GU --| C CC UGGUGUGG CUG CCUGGGGCCGUCUU CCAG GCAGUG GGG C GAC GGACCUCGGUAGAA GGUC UGUCAC UCC C UCCUCCCCCCACAGGUAGU UC AU^ - AA UCGGAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-8-P2b_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGUCUUCCAGCGCAGUGCCGGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-8-P2b_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- UAACACUGUCUGGUAAAGAUGGC -65
Get sequence
|
