| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12561 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12561 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Obi-Mir-12561-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ426916: 30610-30665 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12561-v2) |
Mir-12561-v1
KQ426916: 30610-30665 [+]
Ensembl
Mir-12561-v2 KQ426916: 30610-30665 [+] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12561-v2 |
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| Seed | GUCCAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAAUCCGAAAAUGAUGUAGGAUUCGCCGUCUACUUGCGCCGUGGAUAUUGUGAUAACAAUGGAUGUCCAUAGCACACGUGGAUGGCGUCUUCUAUAUAAACGCACGUCGGAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCAAUCCGAAAAUGAU--| UU U C CG GUGAU GUAGGA CGCCGUCUAC UG GC UGGAUAUU A UAUCUU GCGGUAGGUG AC CG ACCUGUAG A CAGAGGCUGCACGCAAAUA^ CU C A AU GUAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12561-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUACUUGCGCCGUGGAUAUU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12561-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGUCCAUAGCACACGUGGAUG -56
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12561-v1 |
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| Seed | UGUCCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCAAUCCGAAAAUGAUGUAGGAUUCGCCGUCUACUUGCGCCGUGGAUAUUGUGAUAACAAUGGAUGUCCAUAGCACACGUGGAUGGCGUCUUCUAUAUAAACGCACGUCGGAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUCAAUCCGAAAAUGAU--| UU U C CG GUGAU GUAGGA CGCCGUCUAC UG GC UGGAUAUU A UAUCUU GCGGUAGGUG AC CG ACCUGUAG A CAGAGGCUGCACGCAAAUA^ CU C A AU GUAAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Obi-Mir-12561-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUACUUGCGCCGUGGAUAUUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Obi-Mir-12561-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUGUCCAUAGCACACGUGGAUG -56
Get sequence
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