| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12568 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-12568 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ovu-Mir-12568-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ426666: 108508-108563 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12568-v1) |
Mir-12568-v2
KQ426666: 108507-108564 [-]
Ensembl
Mir-12568-v1 KQ426666: 108508-108563 [-] Ensembl |
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| Variant | Obi-Mir-12568-v1 |
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| Seed | CUGAGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCAAAGGUAUAGUUUACCGUAAAAAUGUUUCUGAGUUCCUCAGUCAGUGAAAUAUGCCAAUGCACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAACAUUAUUAUGGAAUUUUGACGUAAACCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCAAAGGUAUAGUUUA-- A -| AG CU AAAUAU CCGUAA AAUG UUUCUG UUC CAGUCAGUG \ GGUAUU UUAC AAAGAC AAG GUUAGUCAC G CAACCAAAUGCAGUUUUAA A A^ GG AG GUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Obi-Mir-12568-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUGAGUUCCUCAGUCAGUGA -21
Get sequence
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| Star sequence | Obi-Mir-12568-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
33- CACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAA -56
Get sequence
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| Variant | Obi-Mir-12568-v2 |
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| Seed | UCUGAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCCAAAGGUAUAGUUUACCGUAAAAAUGUUUCUGAGUUCCUCAGUCAGUGAAAUAUGCCAAUGCACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAACAUUAUUAUGGAAUUUUGACGUAAACCAACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUCCAAAGGUAUAGUUUA-- A -| AG CU AAAUAU CCGUAA AAUG UUUCUG UUC CAGUCAGUG \ GGUAUU UUAC AAAGAC AAG GUUAGUCAC G UCAACCAAAUGCAGUUUUAA A A^ GG AG GUAACC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Obi-Mir-12568-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUCUGAGUUCCUCAGUCAGUG -21
Get sequence
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| Star sequence | Obi-Mir-12568-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- ACUGAUUGGAGAAGGCAGAAAAC -58
Get sequence
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