| MirGeneDB ID | Obi-Mir-12578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-12578 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Obi-Mir-12578-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Octopus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ418719: 174845-174904 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-12578-v2) |
Mir-12578-v1
KQ418719: 174845-174904 [-]
Ensembl
Mir-12578-v2 KQ418719: 174845-174904 [-] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Obi-Mir-12578-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGAGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUUUAUUAGAUCAACAUCUUGGGAAACCACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUUAGUCUGUCUAAUUAAAAGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGAUUUGCCAAGAAAUCAGGCACCAAAAUUCUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGUUUAUUAGAUCAACA-- G CCAC-| U AGUCUG UCUUGG AAA UUUAAUAUGCAG CUCCUUU U AGAACC UUU AGAUUAUGUGUC GAGGAAA C AUCUUAAAACCACGGACUAA G AGAGA^ - AUUAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Obi-Mir-12578-v2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Obi-Mir-12578-v2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGA -60
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Obi-Mir-12578-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGAGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGUUUAUUAGAUCAACAUCUUGGGAAACCACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUUAGUCUGUCUAAUUAAAAGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGAUUUGCCAAGAAAUCAGGCACCAAAAUUCUAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUGUUUAUUAGAUCAACA-- G CCAC-| U AGUCUG UCUUGG AAA UUUAAUAUGCAG CUCCUUU U AGAACC UUU AGAUUAUGUGUC GAGGAAA C AUCUUAAAACCACGGACUAA G AGAGA^ - AUUAAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Obi-Mir-12578-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUUAAUAUGCAGUCUCCUUUA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Obi-Mir-12578-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAGGAGCUGUGUAUUAGAAGAGA -60
Get sequence
|
