| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-342 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-342 Cfa-Mir-342 Cja-Mir-342 Cpo-Mir-342 Dno-Mir-342 Eca-Mir-342 Ete-Mir-342 Hsa-Mir-342 Laf-Mir-342 Mml-Mir-342 Mmr-Mir-342 Mmu-Mir-342 Pab-Mir-342 Rno-Mir-342 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0257: 21272-21336 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUCACAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUCUCCACAUGAGAACCUGGGCUCGAGGUGAGGGGUGCUCUCUGUGCGUGAGGGACAUGGCAAUCGAAUUGUCUCACACAGAAAUCGCACCCUCUCCUCGGCCUGCUCAGCACCACGCAGCCUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CUCUCCACAUGAGAACCU---| U U - CUC CGUGA UGGCA GGGC CGAGG GAGGG GUG UCUGUG GGGACA A UCCG GCUCC CUCCC CGC AGACAC CUCUGU U CGUCCGACGCACCACGACUCG^ - U A UAA A---- UAAGC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-342_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGGGUGCUCUCUGUGCGUGAGGGACA -27
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-342_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- UCUCACACAGAAAUCGCACCCUCU -65
Get sequence
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